O Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade e Uso dos Recursos Naturais (BURN) da Unimontes foi criado originalmente como Programa Pós-Graduação em Ciências biológicas (PPGCB) e recomendado pela CAPES em julho de 2006, com o curso de Mestrado em Ciências Biológicas. Inicialmente, o programa foi inserido na antiga câmara de Ciências Biológicas I e tinha como proposta formar profissionais na área da biotecnologia aplicada à conservação da natureza, com amplos conhecimentos em técnicas biomoleculares aplicadas ao uso e conservação de recursos naturais. Portanto, o programa buscava integrar duas áreas de conhecimento (Ecologia e Biologia Molecular), visando o desenvolvimento sustentado, especialmente da região semiárida de Minas Gerais. 

Na primeira avaliação trienal, referente ao período 2007-2009, a CAPES recomendou a mudança para a área de Ecologia e Meio Ambiente, posteriormente absorvida em 2011 pela área de Biodiversidade. Após novas recomendações da CAPES na avaliação de 2010-2012, o programa foi reformulado, com mudanças no corpo docente, estrutura curricular e no nome do programa, alterado em 2016 para Biodiversidade e Uso de Recursos Naturais (PPG-BURN). Na avaliação quadrienal de 2017-2020, publicada em setembro de 2022 devido à pandemia de COVID-19, o PPG-BURN recebeu a nota 4 e, em 2023, submeteu proposta de abertura do curso de doutorado, que foi recomendada pela CAPES. Em 2024, a primeira turma de doutorado do PPG-BURN foi aberta.